以前、JIRAを構築した際にJavaでLet's Encryptの証明書が検証できなくてアレしたりしたんですが、なんのことはない、nginxの設定でssl_certificateにfullchain.pemじゃなくてcert.pemとか指定してたのでハマっただけでした。

ちゃんとfullchain.pemを指定してやればJREに証明書のインストールとかしなくても普通につながりましたXD

おのれさくらのナレッジめ...